http://www.mlexp.com/wiki/?eclipse
「プロジェクト」→「プロパティ」→「Amateras」の「ルート」というところに、作業をしているサブディレクトリのパスを書く。
例えば、「webapp」というコンテキストディレクトリの下に「AppTop?」というサブディレクトリを作って、その下にWEB-INFなどを配置している場合は、ルートに「/AppTop?」と書いておく。
これで「適用」或いは「OK」をしても、なぜかエラーは出っ放しなので、いったん Eclipse を閉じて、再度開きなおす。で、問題のJSPファイルを開けば、エラーは解消されるはず。